Filogenetik Bulu Babi Tripneustes gratilla menggunakan Gen Sitokrom Oksidase Subunit 1

Abstrak

Bulu babi Tripneustes gratilla merupakan organisme multifungsi yang dapat dimanfaatkan sebagai bahan pangan potensial karena kandungan gizinya yang cukup tinggi. Organisme ini juga dapat digunakan sebagai bioindikator perairan laut dan sebagai organisme model dalam mempelajari aspek-aspek biologi. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari filogenetik (hubungan kekerabatan) bulu babi T. gratilla dari perairan Wasior dan Serui. Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Bioteknologi Universitas Negeri Papua pada bulan November - Desember 2009. Sampel diekstraksi dengan menggunakan Chelex 10 % dan diamplifikasi melalui teknik PCR (Polymerase Chain Reaction). Perunutan urutan nukleotida (Sequenching) fragmen gen CO I (Cythocrome oxidase sub unit I) dilakukan dengan menggunakan sequencher ABI 377 (Apllied Biosystem). Data urutan nukleotida yang diperoleh dianalisis dengan menggunakan perangkat lunak (software) MEGA 4.0.2. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa fragmen gen yang berhasil diamplifikasi berukuran 601 pasang basa (pb). Hasil pembacaan urutan nukleotida yang diperoleh memperlihatkan adanya variasi nukleotida diantara individu dari kedua perairan. Analisis filogenetik terhadap individu dari kedua perairan menghasilkan dua kelompok (cluster). Kelompok pertama terdiri dari SER 01 dan sub kelompok yang terdiri WSR 02 dan SER 02. Sedangkan kelompok kedua hanya terdiri dari WSR 01. Hasil ini memperlihatkan bahwa individu yang berasal dari Wasior (WSR 02) memiliki hubungan genetik yang dekat dengan individu yang berasal dari Serui (SER 02). Sehingga menunjukkan adanya keterkaitan genetik antara spesies Tripeneustes gratilla dari kedua perairan tersebut.