Analisis Single Nucleotide Polymorphism (SNP) Gen Laccase-24 (EgLCC24) dalam Ketahanan Kelapa Sawit (Elaeis guineensis Jacq.) terhadap Ganoderma boninense

Abstrak

Serangan Ganoderma boninense dan penyebarannya yang cepat di perkebunan kelapa sawit telah menimbulkan kerugian ekonomi yang signifikan. Penggunaan bahan tanaman tahan Ganoderma dapat menjadi solusi, tetapi segregasi alel yang terjadi menyebabkan tidak semua progeni DxP yang diperoleh memiliki sifat ketahanan terhadap Ganoderma. Peran marka molekuler diperlukan untuk membantu seleksi awal progeni DxP yang tahan Ganoderma di pembibitan. Penelitian ini bertujuan mencari marka SNP tertarget dari gen Laccase-24 (EgLCC24), yang sebelumnya diduga berperan dalam ketahanan kelapa sawit terhadap Ganoderma. Penelitian ini menggunakan tiga populasi DxP kelapa sawit, yaitu populasi A, B, dan C. Penapisan Ganoderma di pembibitan dilakukan pada ketiga populasi ini untuk meperoleh sampel progeni dengan fenotipe tahan dan fenotipe rentan, yang kemudian dianalisis lebih lanjut. Metode yang digunakan mencakup analisis SNP hingga pemanfaatan primer SNAP untuk pengembangan marka. Perbedaan SNP yang diperoleh dari penelitian ini menyebabkan perubahan asam amino, namun tidak sampai menyebabkan stop kodon. Hasil validasi menggunakan primer SNAP pada gen Laccase-24 menunjukkan bahwa progeni DxP populasi A, B, dan C relatif memiliki karakteristik alel moderat tahan Ganoderma.