Validasi Marker Infeksi Dini Ganoderma pada Kelapa Sawit di Tiga Lokasi Endemik Ganoderma

Abstrak

Penyakit yang memengaruhi kelangsungan hidup industri kelapa sawit adalah busuk pangkal batang yang disebabkan oleh Ganoderma. Tingkat serangan Ganoderma saat ini tidak dapat dikendalikan, disebabkan oleh iklim yang tidak menentu bagi kelapa sawit. Saat ini, terdapat banyak pendekatan untuk mendiagnosis Ganoderma secara dini, salah satunya menggunakan metode molekuler. Tujuh gen marka infeksi dini pada kelapa sawit dihasilkan dari kajian transkriptomik sebagai referensi, yakni LEUCO, ETHYLENE, CHALCONE, ANTHOCYANIDIN, ETHYLENE, MANNOSE, dan SENESCENCE. Tujuan dari penelitian ini adalah memvalidasi dan mengkonfirmasi keberadaan infeksi Ganoderma di tiga lahan endemik kelapa sawit di Indonesia yaitu perkebunan Cisalak Baru, Rejosari, dan Bekri. RT-qPCR dilakukan dari RNA akar kelapa sawit dengan empat tingkat keparahan infeksi yang berbeda. Isolasi RNA dilakukan manual dan dilakukan sintesis cDNA, untuk menganalisis dan mengkuantifikasi tingkat penyandian gen. Selain itu, analisis ontologi gen (GO) juga dilakukan untuk menjelaskan peran masing-masing gen yang diuji. Hasil penelitian mengungkapkan bahwa CHALCONE adalah satu-satunya marka awal infeksi Ganoderma yang secara konsisten muncul di tiga lokasi. Perbedaan dari hasil analisis tiap kebun sangat erat kaitannya dengan umur kelapa sawit, tingkat keparahan infeksi, serta lokasi endemik. Hasil GO menyatakan bahwa peranan tujuh gen tersebut terkait dengan response infeksi. Studi ini berhasil mengkonfirmasi infeksi awal pada tiga kebun, menjelaskan variabel yang memengaruhi efikasi dan sensitifitas deteksi molekuler, dan menjelaskan fungsi dan pentingnya gen tertentu sebagai marka.