Studi Asosiasi Genom (GWAS) Komponen Tandan Populasi Interspesifik Elaeis oleifera dan Elaeis guineensis

Abstrak

Program pemuliaan kelapa sawit spesies Elaeis guineensis maupun backcross Elaeis oleifera berjalan lambat karena kelapa sawit merupakan tanaman tahunan. Oleh karena itu, sangat diperlukan alternatif pendekatan yang mampu mempercepat program pemuliaan kelapa sawit. Pendekatan genome-wide SNP (single nucleotide polymorphism) kemudian digunakan untuk mempelajari asosiasi antara 18 fenotipe komponen tandan pada plasma nutfah kelapa sawit spesies E. oleifera origin Suriname dan Brazil Coari, beberapa hibrida interspesifik dan turunan elit E. guineensis. Metode genotyping by sequencing (GBS) menghasilkan total 459 juta atau sekitar 798 ribu bacaan per sampel dan 3.252 SNP memenuhi syarat untuk 456 genotipe. Dengan menggunakan berbagai model asosiasi, sebelas data fenotipe yang dinormalisasi berhasil menunjukkan asosiasi nyata dengan 29 SNP. Berdasarkan anotasi, 17 SNP diantaranya terkait gen dengan fungsi biologi tertentu. Tiga SNP ditemukan berada pada exon sebuah gen, yaitu SNP4416, SNP349 dan SNP3865, sedangkan 15 SNP lainnya berada pada daerah intragenic sebuah gen. Sebanyak 4 SNP diantaranya merupakan common SNP pada fenotipe C16:0 dan C18:1 serta C20:0 dan C20:1. Penelitian ini menunjukkan potensi SNP yang dapat digunakan sebagai pendekatan alternatif pemuliaan backcross E. oleifera, walau diperlukan juga penelitian lanjutan dalam bentuk validasi.