KONSTRUKSI PETA GENETIK KELAPA SAWIT (Elaeis guineensis JACQ.) PPKS KETURUNAN SP540T DENGAN MENGGUNAKAN MARKA RESTRICTION SITE ASSOCIATED DNA (RAD)

Abstrak

Konstruksi peta pautan kelapa sawit pada populasi keturunan SP540T dilakukan pada 2012 hingga 2015 yang merupakan kerja sama Pusat Penelitian Kelapa Sawit (PPKS), Indonesia dan Neiker, Spanyol. Sebagian kegiatan seperti isolasi DNA dilakukan di PPKS Marihat, sedangkan analisis RAD dilakukan di Laboratorio Biotecnologia Vegetal, Neiker, Spanyol. Peta genetik dikonstruksi menggunakan marka Restriction Site Associated DNA (RAD Tags). Sebanyak 532 fragmen RAD digunakan untuk membentuk 16 kelompok pautan atau Linkage Group (LG) yang mewakili 16 kromosom kelapa sawit. Peta genetik sepanjang 1269,9 map unit (mU) atau rata-rata 79,37 mU per kromosom yang terdiri atas fragmen-fragmen RAD yang dapat dicarikan homologinya dengan sekuen pada data base DNA untuk mengidentifikasi gen kandidat. Peta genetik yang terbentuk menjadi dasar untuk konstruksi peta fungsional PPKS (IOPRImap) setelah diintegrasikan dengan data fenotipik. IOPRImap diharapkan dapat membantu memperpendek siklus seleksi pemuliaan kelapa sawit di PPKS dan membantu menentukan strategi pemuliaan kelapa sawit yang lebih presisi.