Optimalisasi Ekstraksi DNA Dan PCR Untuk Identifikasi Molekuler Pada 4 Jenis Karang Lunak Berbeda

Abstrak

Karang lunak merupakan salah satu penyusun komunitas karang yang berguna bagi ekosistem terumbu karang. Keberadaanya di ekosistem terumbu karang sangat penting bagi proses rantai makanan di lautan. Sulitnya identifikasi morfologi karang ini disebabkan variasi sklerit yang beragam. Oleh karena itu penting adanya identifikasi molekuler sebagai penunjang data taksonomi karang ini. Akan tetapi, dalam proses identifikasi molekuler karang ini masih banyak hambatan yang terjadi dalam proses ekstraksi maupun PCR nya. Hal ini dimungkinkan karena adanya kalsium karbonat yang tersusun di seluruh tubuh karang ini. Oleh karena itu, penelitian ini dilakukan untuk mendapatkan proses ekstraksi DNA dan PCR yang optimal dalam proses identifikasi secara molekuler. Proses ekstraksi dilakukan dengan menggunakan Kit Ekstraksi dan PCR dengan menggunakan KIT PCR. Hasil ekstraksi menunjukan bahwa Xenia sp memiliki konsentrasi DNA yang tertinggi dengan nilai 53.90 (ng/ul) dan terendah pada jenis Sarcophyton trocheliophorum sebesar 26.70 (ng/ul). Optimalisasi PCR menghasilkan hasil yang baik pada spesies Xenia sp., dan Lobophytum pauciflorumsedangkan pada sampel jenis Sarcophyton trocheliophorum pita DNA menunjukan hasil yang smear.   Keywords: Ekstraksi, Identifikasi, Karang Lunak, Molekuler, PCR