Desain Primer untuk Deteksi Gen Diphtheria Toxin Repressor (dtxR) sebagai Biomarker Bakteri Corynebacterium diphtheriae Menggunakan In Silico PCR

Abstrak

Corynebacterium diphtheriae merupakan bakteri penyebab penyakit difteri. Faktor virulensi C. diphtheriae berasal dari kemampuan bakteri tersebut memproduksi toksin bakteri. Produksi toksinnya diatur seperangkat gen yang disebut gen tox/dtx dan diregulasi oleh gen dtxR. Tujuan dari studi ini untuk mendesain primer yang digunakan untuk mengevaluasi gen dtxR menggunakan sekuens DNA bakteri. Penelitian ini merupakan penelitian eksperimental dengan pendekatan studi literatur menggunakan aplikasi In silico Polymerase Chain Reaction (PCR), NCBI (National Center for Biotechnology Information), Primer3Plus, dan Oligo Calculator. Sampel diperoleh dari genbank NCBI yaitu C. diphtheriae dtxR gene M80337.1. Pemeriksaan In silico PCR dilakukan dengan menggunakan primer yang baru dirancang dari Primer3Plus dengan 50 DNA genom Corynebacterium spp. yang diambil dari database In silico PCR. Pasangan primer dtxR: 5-ACAGTTAGCCAAACCGTTGC-3 dan 5-TGCGTTCAACTTCGTCACTC-3 dapat menghasilkan amplikon DNA tunggal berukuran 226 bp khusus untuk jenis C. diphtheria dan tidak ada pita amplikon yang dihasilkan dari genom Corynebacterium lain. Berdasarkan hasil studi sepasang primer spesifik tersebut dapat digunakan untuk uji in vitro PCR dan dimanfaatkan untuk pengembangan deteksi cepat penyakit difteri.