Kajian in Silico Kekerabatan Filogenetik dan Kandungan Fitokimia Tanaman Rimpang Endemik Indonesia untuk Identifikasi Potensi Pengobatan

Abstrak

Indonesia memiliki keanekaragaman tanaman rimpang (Zingiberaceae) yang telah lama dimanfaatkan dalam pengobatan tradisional. Namun, identifikasi taksonomi konvensional seringkali bermasalah akibat variasi morfologi dan ketergantungan pada organ reproduktif. Analisis molekuler seperti sekuensing Internal Transcribed Spacer (ITS) menjadi solusi untuk mengungkap hubungan filogenetik dan potensi bioaktifnya. Penelitian ini bertujuan menganalisis kekerabatan filogenetik tanaman rimpang endemik Indonesia berbasis marka ITS, mengidentifikasi korelasi antara hubungan filogenetik dengan kandungan fitokimia, serta menilai implikasinya terhadap potensi pengobatan. Metode penelitian menggunakan pendekatan in silico dengan data sekuen ITS dari 17 spesies tanaman rimpang dan 1 outgroup yang diunduh dari GenBank. Analisis filogenetik dilakukan menggunakan perangkat lunak MEGA 12 dengan metode Neighbor-Joining. Hasil penelitian mengungkap dua klad utama: Klad I (Curcuma, Zingiber, Kaempferia, dan Boesenbergia) dan Klad II (Etlingera, Amomum, Alpinia, dan Elettaria), masing-masing dengan karakteristik fitokimia dan aktivitas terapeutik yang khas. Spesies berkerabat dekat seperti C. xanthorrhiza, C. zedoaria, dan C. aeruginosa memiliki kandungan senyawa bioaktif serupa (kurkuminoid, minyak atsiri) dengan aktivitas antiinflamasi, antioksidan, dan antimikroba. Sementara itu, perbedaan filogenetik yang lebih besar berkorelasi dengan diversifikasi senyawa aktif dan aplikasi terapetik spesifik, seperti antikanker (Z. zerumbet) dan antibakteri (Z. cassumunar). Kesimpulan penelitian ini memperkuat dasar ilmiah pemanfaatan tanaman rimpang dalam pengobatan tradisional dan memberikan panduan eksplorasi senyawa baru berdasarkan kedekatan genetik. Implikasinya, pendekatan in silico berbasis ITS efektif untuk memetakan hubungan evolusi dan fitokimia, serta memberikan rekomendasi strategis untuk pengembangan fitofarmaka dan konservasi keanekaragaman genetik Indonesia.